Η εμβρυομεταφορά, η τοποθέτηση δηλαδή των γονιμοποιημένων ωαρίων που προέκυψαν από την εξωσωματική γονιμοποίηση στην μήτρα της γυναίκας, πραγματοποιείται την 2^η - 3^η ημέρα (έμβρυα πρωίμων διαιρέσεων) ή την 5^η ημέρα (στάδιο βλαστοκύστεων) μετά την ωοληψία. Η γυναίκα προσέρχεται στη Μονάδα κατά την προγραμματισμένη ώρα, χωρίς να χρειάζεται να είναι νηστική (αφού δεν θα λάβει αναισθησία), και με μια απλή διαδικασία (που δεν είναι πιο επώδυνη από την λήψη ενός τεστ Παπανικολάου) γίνεται η εμβρυομεταφορά: από τα διαθέσιμα έμβρυα επιλέγονται εκείνα που με βάση συγκεκριμένα μορφολογικά κριτήρια χαρακτηρίζονται ως τα ‘καλύτερα’, τα έμβρυα τοποθετούνται σε ειδική σύριγγα με λίγο καλλιεργητικό υγρό και δια μέσου ενός πολύ λεπτού καθετήρα που διέρχεται δια του τραχήλου της μήτρας, προωθούνται στην ενδομητρική κοιλότητα. Με βάση την διεθνή εμπειρία όπως αυτή έχει αποτυπωθεί σε πολλές μελέτες, για να αυξηθούν τα ποσοστά επιτυχίας η εμβρυομεταφορά πρέπει πάντα να γίνεται με ταυτόχρονο υπερηχογραφικό έλεγχο ώστε να γίνει όσο το δυνατόν πιο εύκολα και γρήγορα και τα έμβρυα να τοποθετηθούν σε συγκεκριμένο σημείο της κοιλότητας της μήτρας. Οι λεπτομέρειες αυτές έχουν τεράστια σημασία αν θέλουμε να εξασφαλίσουμε τα καλύτερα δυνατά αποτελέσματα. Η γυναίκα παραμένει κλινήρης για λίγη ώρα (αν και μάλλον αυτό δεν έχει καμία σημασία για το αποτέλεσμα) και στην συνέχεια μπορεί να αποχωρήσει από τη Μονάδα. Ο αριθμός των εμβρύων που τοποθετούνται σε κάθε εμβρυομεταφορά, καθορίζεται μεν από παράγοντες όπως είναι η ηλικία της γυναίκας και η ποιότητα των διαθέσιμων εμβρύων, υπόκεινται όμως σε περιορισμό ώστε να αποφευχθούν οι πολύδυμες κυήσεις (οι οποίες αποτελούν το κυριότερο αίτιο γέννησης προώρων νεογνών, με τις δυσμενείς συνέπειες που αυτό συνεπάγεται). Στην Ελλάδα, η Ανεξάρτητη Αρχή για την Ιατρικώς Υποβοηθούμενη Αναπαραγωγή, έχει ορίσει συγκεκριμένες οδηγίες για τον αριθμό των μεταφερομένων εμβρύων.