Υπάρχει μια μεγάλη ποικιλία παραγόντων που μπορούν να επηρεάσουν την γονιμότητα ενός ζευγαριού. Η παρουσία ενός από τους παράγοντες αυτούς δεν αποκλείει την υπάρξη και κάποιου άλλου στο ίδιο ζευγάρι, ενώ ένας παράγοντας μπορεί να έχει διαφορετική βαρύτητα σε κάθε συγκεκριμένο ζευγάρι. Για τον λόγο αυτόν θα πρέπει να θεωρούμε, να διερευνούμε και να αντιμετωπίζουμε την υπογονιμότητα σαν πρόβλημα του ζευγαριού και όχι του ενός ή του άλλου συντρόφου μεμονωμένα. Αδρά, από τις περιπτώσεις υπογονιμότητας, το 20-30% αποδίδεται σε ανδρικό παράγοντα, το 20-35% σε γυναικείο παράγοντα, ενώ το 25-40% σε συνδυασμό ανδρικού και γυναικείου παράγοντα. Στο 10-20% των περιπτώσεων δεν ανευρίσκεται κάποιος συγκεκριμένος αιτιολογικός παράγοντας

Ι) Γυναικείοι παράγοντες υπογονιμότητας: αφορούν τις σάλπιγγες, τις ωοθήκες, το ενδομήτριο, τον τράχηλο ή τον κόλπο της γυναίκας

• Αίτια υπογονιμότητας από τις σάλπιγγες: Η συνάντηση του ωαρίου με το σπερματοζωάριο και η γονιμοποίηση πραγματοποιούνται στην σάλπιγγα και επομένως, καταστάσεις που επηρεάζουν την φυσιολογική ανατομία ή λειτουργία των σαλπίγγων οδηγούν σε υπογονιμότητα. Τέτοιες καταστάσεις είναι: 1) Οι σοβαρές λοιμώξεις του γεννητικού συστήματος της γυναίκας υπό την μορφή επεισοδίων σαλπιγγίτιδας ή γενικευμένης πυελικής φλεγμονής που μπορεί να προκαλέσουν απόφραξη των σαλπίγγων, καταστροφή της φυσιολογικής δομής του τοιχώματός τους, δημιουργία υδροσαλπίγγων (διατεταμένες σάλπιγγες που είναι γεμάτες με υγρό) ή δημιουργία συμφύσεων στην πύελο οι οποίες στραγγαλίζουν και αποφράσσουν τις σάλπιγγες. 2) Η ενδομητρίωση μπορεί να οδηγήσει σε υπογονιμότητα μέσω πολλών μηχανισμών, μεταξύ των οποίων είναι και η διαταραχή της κινητικότητας και της μικροσκοπικής δομής των σαλπίγγων καθώς και η δημιουργία συμφύσεων στην πύελο. 3) Οι προηγούμενες χειρουργικές επεμβάσεις στην κοιλιά της γυναίκας είναι δυνατόν να προκαλέσουν την δημιουργία συμφύσεων δημιουργώντας προβλήματα στις σάλπιγγες.
• Αίτια υπογονιμότητας από τις ωοθήκες: Στην κατηγορία αυτήν υπάγονται: 1) Καταστάσεις ανωοθυλακιορρηξίας κατά τις οποίες δεν πραγματοποιείται η απελευθέρωση του ωαρίου της γυναίκας, η οποία σε φυσιολογικές συνθήκες συμβαίνει περίπου στο μέσο κάθε κύκλου. Ενδεικτικά αναφέρονται, το σύνδρομο των πολυκυστικών ωοθηκών, η πρώιμη έκπτωση της ωοθηκικής λειτουργίας, το έντονο stress, η υπερβολική σωματική άσκηση, η παχυσαρκία ή αντίθετα η μεγάλη αδυναμία και κακή θρέψη, διαταραχές και όγκοι του εγκεφάλου, καθώς και παθήσεις του ήπατος και των νεφρών. 2) Καταστάσεις κατά τις οποίες, παρατηρείται ορμονική ανεπάρκεια μετά την ωοθυλακιορρηξία, με αποτέλεσμα να μην εξασφαλίζονται οι ιδανικές συνθήκες για την εμφύτευση του γονιμοποιημένου ωαρίου στην μήτρα. Η διαταραχή αυτή ονομάζεται ανεπάρκεια της ωχρινικής φάσης του κύκλου.
  
• Αίτια υπογονιμότητας από την μήτρα: Εδώ περιλαμβάνονται ορισμένοι τύποι ινομυωμάτων και οι ιδίως εκείνα που προβάλουν μέσα στην κοιλότητα της μήτρας, οι ενδομητρικές συμφύσεις που παρατηρούνται συνήθως σε γυναίκες που έχουν υποβληθεί σε πολλές αποξέσεις, οι σοβαρές ή υποτροπιάζουσες φλεγμονές του ενδομητρίου (ενδομητρίτιδες), η αδενομύωση που αποτελεί μια ιδιόμορφη πάθηση του μυομητρίου (των τοιχωμάτων δηλαδή της μήτρας), και τέλος (πιθανώς) ορισμένες διαταραχές της τραχηλικής βλέννας, όπως είναι η αλλοιωμένη σύστασή της.
  
• Ενδομητρίωση. Πρόκειται για μια ιδιόμορφη πάθηση της γυναίκας κατά την οποίαν εστίες με σύσταση ενδομητρίου εμφανίζονται εκτός της φυσιολογικής τους θέσης (που είναι η κοιλότητα της μήτρας). Γενικά υπολογίζεται ότι στο 15-25% των υπογόνιμων γυναικών υπάρχει ενδομητρίωση, ενώ το 30-50% των γυναικών με ενδομητρίωση εμφανίζει προβλήματα γονιμότητας. Οι μηχανισμοί με τους οποίους η ενδομητρίωση μπορεί να προκαλέσει υπογονιμότητα, συνεχίζουν να αποτελούν αντικείμενο εντατικής μελέτης. Εκτός από την επίπτωση στις σάλπιγγες που αναφέρθηκε παραπάνω, άλλοι πιθανοί μηχανισμοί είναι: η τοπική διαταραχή του ανοσοποιητικού συστήματος που οδηγεί στην απελευθέρωση δυσμενών για την αναπαραγωγή ουσιών, η διαταραχή της ωοθηκικής λειτουργίας και ιδίως η παρεμπόδιση της ωοθυλακιορρηξίας (μια κατάσταση που ονομάζεται άτρητο ωχρινοποιημένο ωοθυλάκιο, Luteinized Unruptured Follicle - LUF), η αλλοίωση του σπέρματος μετά την είσοδό του στο γεννητικό σύστημα της γυναίκας, και άλλοι πολλοί.
  
  

ΙΙ) Ανδρικοί παράγοντες υπογονιμότητας

Σε αντίθεση με τις αντιλήψεις του παρελθόντος, στο 20-40% των ζευγαριών με προβλήματα αναπαραγωγής το αίτιο εντοπίζεται αποκλειστικά ή συνεργικά σε ανδρικούς παράγοντες, στην παρουσία δηλαδή διαφόρων διαταραχών του σπέρματος. Ενα φυσιολογικό και επαρκές σπέρμα αποτελεί απαραίτητη προϋπόθεση για την επίτευξη της γονιμοποίησης και οι παράμετροι που αξιολογούνται σε αυτό είναι πολλοί. Κατ’ αρχάς, ο αριθμός των σπερματοζωαρίων που περιέχεται στο σπέρμα πρέπει να είναι επαρκής. Εαν ο αριθμός αυτός είναι μικρότερος του φυσιολογικού, η κατάσταση ονομάζεται ολιγοσπερμία, ενώ αν δεν υπάρχουν καθόλου σπερματοζωάρια μιλάμε για αζωοσπερμία. Σημαντική είναι επίσης και η παράμετρος της κινητικότητας των σπερματοζωαρίων δεδομένου ότι αυτά πρέπει να κινηθούν με τις δικές τους δυνάμεις στο γεννητικό σύστημα της γυναίκας και να διανύσουν την απόσταση μέχρι τις σάλπιγγες. Ετσι, η μειωμένη κινητικότητα των σπερματοζωαρίων που ονομάζεται ασθενοσπερμία επηρεάζει αρνητικά την γονιμοποιητική δυνατότητα του σπέρματος.  Τέλος, η μορφολογία των σπερματοζωαρίων πρέπει να είναι, σε αποδεκτά ποσοστά αυτών, φυσιολογική. Εκτός των παραπάνω χαρακτηριστικών των σπερματοζωαρίων, σημασία ενδέχεται να έχουν και άλλοι παράγοντες όπως ο όγκος του σπέρματος, η παρουσία φλεγμονωδών κυττάρων σε αυτό, και τέλος η ύπαρξη αντισπερμικών αντισωμάτων που θεωρητικά προσκολλώνται στα σπερματοζωάρια επηρεάζοντας τόσο την  κινητικότητα όσο και την ικανότητα τους να γονιμοποίησουν το ωάριο.

Υπάρχει μια μεγάλη ποικιλία καταστάσεων που μπορούν να οδηγήσουν σε διαταραχές του σπέρματος. Τέτοιες καταστάσεις είναι: Φλεγμονές των όρχεων, με πιό γνωστή την προκαλούμενη από παρωτίτιδα σε νεαρή ηλικία, καθώς και σοβαρές φλεγμονές του προστάτη. Τραυματισμοί, κακώσεις ή συστροφή των όρχεων, με συνέπεια την καταστροφή τους. Η συγγενής ή επίκτητη απόφραξη των σωληναρίων από τα οποία διέρχονται τα σπερματοζωάρια πριν την εκσπερμάτιση. Η κιρσοκήλη. Η λήψη διαφόρων τοξικών φαρμάκων, η επίδραση ακτινοβολίας στους όρχεις και  η κατάχρηση οινοπνεύματος. Διάφορες συγγενείς ανωμαλίες στα γονίδια ή τα χρωματοσώματα του άνδρα. Σπάνιοι όγκοι και βλάβες του κεντρικού νευρικού συστήματος. Τέλος, παροδική διαταραχή του σπέρματος μπορεί επίσης να εμφανισθεί σε άνδρες που ζουν σε υψηλό υψόμετρο, που δεν διατρέφονται σωστά, που ασκούνται υπερβολικά ή που φορούν στενά εσώρουχα και παντελόνια με αποτέλεσμα να αυξάνεται υπερβολικά η θερμοκρασία στην περιοχή. Αξίζει πάντως να σημειωθεί ότι, στην πλεοψηφία των περιπτώσεων δεν εντοπίζεται κάποιο εύκολα διακριτό αίτιο που ευθύνεται άμεσα για την διαταραχή του σπέρματος.

ΙΙΙ) Υπογονιμότητα αγνώστου αιτιολογίας.
Σε ένα 10-20% των υπογόνιμων ζευγαριών ο πλήρης διαγνωστικός έλεγχος τόσο του άνδρα όσο και της γυναίκας αποδεικνύεται απολύτως φυσιολογικός. Στις περιπτώσεις αυτές οι παράγοντες υπογονιμότητας θεωρούνται άγνωστοι ή αδιευκρίνιστοι.